Bütün çocuklar için ergenlik ve kafa karışıklığı dönemidir. Otizmli çocuklarda bu dönemde sorunlar yaşamaktadır. Bütün çocuklardaki gibi, gelişmekte olan cinsellikle uğraşılarında yardımcı olmak gerekir. Bazı davranışlar ergenlik yıllarında iyileşirken, bazı davranışlar kötüleşir. Artmış otistik veya agresif davranış bazı ergenlerde yeni olan kafa karışıklığı ve gerginlik bir tür ifade tarzı olabilir.

Ergenlik bireyin sosyal olarak daha duyarlı ve farkında olduğu bir zamandır. Ergenlerin çoğu bu yaşlarda; akne, popularite, notlar konusunda endişelidir. Otizmli gencin kendini arkadaşlarından farklı olarak hissetmesi ona acı verici olabilir. Arkadaşlarına oranla olan eksikliklerini his edebilirler. Okul arkadaşlarından farklı olarak flört etmez ve geleceği planlamazlar. Bazıları yeni davranışlar öğrenmeleri için zorlandıklarında üzüntülü olurlar.